本系因應政府國家經貿政策，產業自動化需求，結合澎湖地區的地方特色，發展離島運輸產業，培育我國海運、空運、港埠、貿易等相關事業之中、高階經營管理及實務科技人才。 推動學生畢業前取得三證照會(語言、電腦、專業)，增加就業競爭優勢。