民國80年
成立高雄海專澎湖分部，設水產養殖科、航運管理科。
民國81年
增設航運管理科二專夜間部。
民國82年
增設觀光事業科、水產養殖科二專夜間部，教學行政大樓正式啟用。
民國83年
增設資訊管理科、電訊工程科。
民國84年
正式獨立設校為國立澎湖海事管理專科學校。
民國87年
增設資訊工程科，實驗大樓完工啟用。
民國88年
觀光事業科廢止，設立休閒事業管理科、餐旅管理科、應用外語科。
民國89年
改制為國立澎湖技術學院，圖書資訊大樓完工使用。
民國91年
增設觀光學系、運輸與物流管理學系、電子工程學系及食品科學系。
民國92年
增設水產養殖學系、航運管理學系二技進修部、休閒事業管理科二專夜間部。
民國93年
增設海洋運動與管理學系、休閒事業管理學系及資訊管理學系四技進修部，水產養殖科、航運管理科、休閒事業管理科二專夜間部停招，體育館暨學生活動中心完工啟用。
民國94年
升格為國立澎湖科技大學，增設服務業經營管理研究所、水產養殖科二專夜間部，水產養殖學系二技進修部停招，電子工程學系改名為電機工程學系，運輸與物流管理學系改名為行銷與物流管理學系。
民國95年
觀光學系停招與休閒事業管理學系合併並改名為觀光休閒學系－休閒組、觀光組，海洋運動與管理學系改名為海洋運動與遊憩學系，增設海洋創意產業研究所，航運管理學系二技進修部停招。
民國96年
增設觀光休閒事業管理研究所，教學大樓完工啟用。
民國97年
增設電資研究所、服務業經營管理研究所在職專班、食品科學研究所。
民國98年
增設資管產學攜手四技專班，觀光休閒系原以觀光、休閒各一組招生，變更為觀光休閒系二班招生不分組。
民國100年
海洋創意產業研究所改名為水產資源與養殖研究所。
民國101年
增設觀光休閒事業管理研究所在職專班，海洋科技大樓完工啟用。
民國102年
資管產學攜手四技專班6月畢業，水產資源與養殖研究所與水產養殖系整併為水產養殖系水產資源與養殖碩士班，食品科學研究所與食品科學系整併為食品科學系碩士班。
民國103年
夜間部水產養殖科二專停招。
民國104年
夜間部水產養殖科6月二年級畢業，服務業經營管理研究所與行銷與物流管理系整併為行銷與物流管理系服務業經營管理碩士班，觀光休閒事業管理研究所與觀光休閒系整併為觀光休閒系碩士班，電資研究所與電機工程系整併為電機工程系電資碩士班。
民國105年
海洋運動與遊憩系更名海洋遊憩系。
民國107年
增設五專電機科。

國立澎湖科技大學前身國立高雄海事專科學校澎湖分部於民國80年成立，84年正式獨立設校為國立澎湖海事管理專科學校，89年升格為國立澎湖技術學院，至94年正式改制為科技大學。歷經篳路藍縷的建校過程，在全校師生努力耕耘下，目前已成為一所涵蓋水產、工業、觀光、資訊、管理及人文等類別，並以海洋產業教育為主的綜合性科技大學，設有人文暨管理、觀光休閒及海洋資源暨工程等三個學院，共有12個學系、5個研究所以及通識教育中心，屬小型科技大學，本校除了是臺灣海峽上第一所大學亦是唯一一所離島型態的科技大學，為國家培養海洋漁業、觀光休閒、科技及管理的各種人才，不僅提供澎湖在地人才培訓機會，拉近與臺灣本島之教育落差，也對當地產業、經濟與文化之提升有直接貢獻。

本校教育理念包含二大主軸：(1)以學生為中心，建立以學生為主體之學習及生涯輔導規劃機制，學生「適職能力」之養成、獨立自主之長成與快樂生活之導引乃為學校辦學之工作重點。(2)教職員工與行政系統之教學與服務品質提升為本校辦學的另一主軸，良師方能造就高徒，以教師為核心之教育理念，在尊重不同領域老師的多元價值，肯定教師教學、研究與推廣服務等不同層面之貢獻，故激發教師教學與研究潛能、注入優良師資以及教授治校理念之發揮則為本校另一要務。行政係以支援、服務師生為目標，以營造和諧、樂活之校園和提供教學、研究、服務產業之優質平台。

至民國104年，為本校成立24週年，雖然在學校組織制度的建立、教學資源的整合、校園規劃，或教學、研究與服務的耕耘，均已具有相當的基礎，然而在全球環境快速變遷的時代，國內外高等教育的競爭日益激烈，尤其近年我國大學教育普及，加上少子女化之趨勢，高中職學生就讀大學比率不斷提升，未來大專院校招收優秀學生將更形困難，甚至面臨招生不足之壓力。本校位處澎湖離島，在招生、教師聘任、學生實習、學術交流等面向均較台灣本島學校困難，考驗將更為嚴峻。面臨此一激烈競爭的時代，若無積極作為，恐有部分科系將被淘汰，反之，若能勇於面對問題與挑戰，不斷追求進步，方可在此高度資訊化與不斷變遷的環境中脫穎而出。為求永續發展，本校必須與時俱進，擘劃未來發展策略，有效利用資源，形成特有的發展空間，以建立本校特色，強化競爭力。

綜合以上教育理念的落實、配合教育政策的推動，並考量整體的大學競爭環境，本校之發展願景定位為「建構樂活海洋、親島嶼產業典範科技大學」。

資料來源