本校之前身為「健行工業專科學校」，係設立於民國54年，民國88年奉准改制為「健行技術學院」，開始招收二技學生，89年九月起，開始招收四技學生，91年開始招收研究生，92年奉准改制為「清雲科技大學」，101年8月1日變更中文校名為『健行科技大學』、英文校名『Chien Hsin University of Science and Technology』。