隨著資訊科技進步，資訊素養已然成為企業管理與營運發展的重要資源，而資訊系統的引進，更是組織面對激烈競爭時的關鍵成功因素，目前產業正轉變為以資訊結合其他領域知識為導向的跨領域環境,是故結合資訊與管理二大領域的人才的培養，實為國家競爭與產業發展的重點工作。
基於時代趨勢以及配合國家產業發展,結合企業資訊化人才需求，本校於民國83年成立資訊管理學科，致力於培育我國資訊管理相關人才。民國89年隨著學校改制由原二專學制改為四技學制，資訊管理科更名為資訊管理學系，並自民國90年起開始招收日間部四技學生，民國93年起開始招收進修部四技學生。
1991國立高雄海專澎湖分部奉准成立
1994成立資訊管理科，招收二年制專科生，科館位於現行政大樓前棟
1995奉准獨立設校為國立澎湖海事管理專科學校
1998科館搬遷至新建的實驗大樓三樓，開始招收二專雙班
2000本校奉准改制為國立澎湖技術學院，本系更名為資訊管理學系
2001二專部逐年減班至91學年度起停止招生，奉准採以班換班方式，改為每年招收四技學生一班
2004奉准每年招收進修部四技學生一班
2005本校奉准改名為國立澎湖科技大學
2007系館搬遷至現址：教學大樓六樓八個班的完整規模建立，達成日間部與進修部共八個班的完整規模
2008黃國光教授接任系主任
2009成立教育部產學攜手合作專班
2011黃志文教授接任系主任
2013產學攜手專班畢業，日間部與進修部共八個班
2014.8.陳建亮教授接任系主任
2015.9.高國元教授接任系主任
2017.2建置第二電腦教室及NAS伺服器
2017.8林永清教授接任系主任
2018.7領先全國科技大學資管系，升系第一電腦教室
2019.2升級本系第二電腦教室
2019.5系友回娘家