教育部為提昇離島地區教育水準及縮小城鄉差距，並進一步培育我國資訊產業優質人才，於民國87年8月1日（87學年度）在澎湖正式成立全國第一所國立技職院校之資訊工程科，招收二專學生。成立當時由教務主任龔榮源博士召集籌備，首任科主任馬永昌博士，任職一年，其後由胡武誌博士接任。歷經4年努力，民國91年8月1日（91學年度）改制為資訊工程系，招收四技學生，並由胡武誌博士擔任首任系主任。