本系為全國技職體系中唯一臨海的水產養殖系，以澎湖特有的沿岸養殖及海水箱網養殖為基礎，肩負起發展及推廣臺灣海水魚、蝦、貝類繁養殖的教育使命。目前有日間部 4 班、碩士班 2 班、夜間進修二專部 1 班，學生總人數約 200 人。
民國80年高雄海專澎湖分部，設水產養殖科（日間部二專）
民國82年設水產養殖科（進修部二專）
民國84年8月改制國立澎湖海事管理專科學校
民國89年8月升格為國立澎湖技術學院，設水產養殖系（日間部二技）
民國92年8月設水產養殖學系（進修部二技），水產養殖系（日間部四技），水產養殖系（日間部二專）停招
民國94年8月升格為國立澎湖科技大學，水產養殖系（日間部二技、進修部二技）停招
民國95年8月設海洋創意產業研究所
民國100年8月海洋創意產業研究所改名為水產資源與養殖研究所
民國102年8月水產資源與養殖研究所改名為「水產養殖系水產資源與養殖碩士班」
民國103年8月水產養殖科(進修部二專)停招