本校創辦人楊永奎先生於民國54年秋籌設五年制工業專科學校，民國55年3月3日正式奉准成立「健行工業專科學校」。民國83學年度奉准改制為「健行工商專科學校」，民國88學年度改制為「健行技術學院」，民國89年1月奉准更名為「清雲技術學院」，民國92年改名為清雲科技大學，並於民國101年8月奉准恢復校名為「健行科技大學」。

財務金融系成立於民國90年，自91年起招收進修部學生，並於98學年度成立碩士班，歷經學制調整，現在每年招收日間部四技2班、進修部四技1班及碩士班1班。107學年度在學之學生日四技8班363人、進四技4班142人、碩士班2班35人，學生人數共540位。專任教師共有12位，皆具財務、經濟相關博士學歷。