本系設立於1994年，前身為國立高雄海專澎湖分部電訊工程科，招收日間部二專，1995年7月1日獨立設校為國立澎湖海事管理專科學校電訊工程科。2000年經學校准改制為國立澎湖技術學院，2002年教育部評鑑教學研究績效一等，改制為電信工程系，招收四技日間部，目前每一年級招生一班。