本校創辦於民國55年3月，當時校名為大仁藥學專科學校(以藥學為發展主軸)；於88年8月改制為大仁技術學院，94年8月升格為大仁科技大學。本著以「提升人的生命品質」為辦學核心，以健康促進、環境保育、關懷服務為三教育主軸，民國90年體認嬰幼兒保育的時代需求及重要性，並希望提供有志從事嬰幼兒保育工作人士更進一步學習與實習的場所，於民國90年成立幼兒保育系，開始招收日間部四技及日間部二技各1班，91年增設二技假日專班2班，92年增設日間部二專、進修部四技各1班，94年增設日間部五專1班。
90-95學年度可稱為本系(科)蓬勃發展期，這段期間，本系乃積極建構幼兒教育及其相關領域專業教室，增添合宜與實用的軟硬體教學設備，並聘請優質師資，務求每位進入本系的學生，均能在設施齊備、資源充足環境中學習成長，進而達成本系發展與培育目標。
96-100學年度本系陸續停招日間部五專、日間部二專、日間部二技、進修部四技等學制，至100學年度招生學制與班級數為日間部1班、進修學院二技2班，進修專校二專1班。101學年度起至今，由於幼托整合政策與教保員修習32學分認證課程需求，加上本系專任教師均假日停休全力支援進修部假日班課程，本系招生近年已日趨穩定。
另外，值得一提的是，本系專任教師流動性低且對系認同度高，目前本系專任教師均到職任教本系超過11年以上，在大家齊心努力經營下，96年度改制後科大評鑑及100學年度科大評鑑均獲一等佳績肯定。