在「南台科技大學」所有科系中，商學群的「會計系」自八十一學年度成立「會計統計科」以來，在全體師生共同努力經營下，會計專業之教學成效已獲得各界好評與肯定。
自民國八十六學年度起獲教育部核准改制為「會計系」，九十一學年度成立「會計資訊研究所」，同時為達到系所合一之宗旨，將會計系更名為「會計資訊系」。