「舞蹈學系」肇始於1961年創立之臺灣省立體育專科學校體育科「舞蹈專長」；民國83年改制為「國立臺灣體育專科學校」「體育舞蹈科」；1996年改制為國立臺灣體育學院「體育舞蹈學系」，蔡麗華教授為首任系科主任；2001年在體育研究所內設「舞蹈教育組」；2004年於本系成立「體育舞蹈碩士班」，王玉英教授為首任碩士班主任；民國2011年8月本校升格為「國立臺灣體育運動大學」，本系與體育系、體育研究所歸建為隸屬於「運動教育學院」。並於2015年8月起正式更名為「舞蹈學系」。
本系自創系以來即以培養舞蹈藝術兼具體育專業訓練基礎之多元人才為宗旨。歷任系主任有蔡麗華教授、王玉英教授、陳克寧教授、陳碧涵副教授、潘莉君副教授及現任詹佳惠副教授。在蔡教授任內，篳路藍縷，延攬多位國內外年輕優秀師資到校任教，為本系發展奠定良好的發展基石。王玉英教授接任系主任後，對內積極擴充教學軟硬體設備，並鼓勵教師出國進修；對外成功促成「國立臺灣體育學院舞團」與「國立臺灣交響樂團」三度合作演出，首創大學學生舞團與職業交響樂團合作之先例。陳碧涵副教授著重人文素養課程的培育，深厚學生獨立思考能力。潘莉君副教授任內其間，除繼續推展國際交流拓展專業深度外，更創造多方位與業界連結的管道，為本系奠定良好的就業基礎，展現本系師生舞蹈專業之亮眼成就。