學士班核心能力
物理、化學、數學及生物等基本知識。
規劃與執行實驗、評析問題與闡釋數據之能力。
解決環境污染問題之工程專業知識及應用工具之能力。
執行環境工程設計之能力。
資訊整合、計畫管理、有效溝通與團隊合作之能力。
獨立思考、研發創新與解決問題之能力。
瞭解工程技術對環境與社會文化之衝擊，並奠定終生學習的能力。
理解工程倫理、關懷社會及珍愛環境。

研究所(碩、博士班)核心能力
物理、化學、數學及生物等進階知識。
規劃與執行實驗、評析問題與闡釋數據之專業能力。
解決環境污染問題之工程專業知識及應用工具之進階能力。
執行環境工程設計之專業能力。
資訊整合、計畫管理、有效溝通與團隊合作之專業能力。
獨立思考、研發創新與解決問題之專業能力。
瞭解工程技術對環境與社會文化之衝擊，並奠定終生學習的進階能力。
理解工程倫理、關懷社會及珍愛環境。

本系研究發展特色主要著重環境工程、環境科學以及永續發展的環境管理和規劃，系上教師皆具有環境相關博士學位，研究領域大致分成以下七大類。水及廢水處理、空氣污染防治與控制、廢棄物處理、環境毒理與工業衛生、環境分析與檢測、環境規劃與管理、土壤及地下水污染。課程設計特色注重理論與實驗，實驗課程有微生物實驗、水質分析實驗、儀器分析實驗、空氣污染控制工程實驗及環工單元操作實驗等，環工領域多元化，故本系實驗課程安排兼顧了各個領域。

本系之教育目標旨在培育學生理論與實務兼顧，能有全球永續發展之觀念，並具終身學習之能力。此外，為讓學生能夠瞭解團隊工作之重要性、以及對國家社會的責任，亦培育同學能有敬業合群之態度，服務社會之熱忱及環境保護之使命感。本系目前設有碩士班，碩士在職專班，以及博士班。碩、博士班的教育目標除了稟承大學部的所有目標外，更要求學生能夠研發創新，做到系統整合的能力。 本系教育目標的訂定是由系學術發展委員會，外聘諮詢委員會的討論，並參考學校之教育目標及工學院的教育目標而訂定，與學校及工學院教育目標間的關係如下：

中興大學培育兼具人文與科學素養、溝通與創新能力、國際視野與社會關懷之菁英人才。

工學院培育具工程專業、整合及創新能力、國際視野之先進工程科技人才，以促進產業發展、增進人類生活品質。

環境工程學系培育學生科學基礎、環工專業知識、全球永續發展觀念及終生學習的能力培養學生具有研發創新、工程實務及系統整合之基本能力。培養學生具有合群敬業之態度、服務社會之熱忱及環境保護之使命感。本系已於民國97年四月通過中華工程教育學會(Institute of Engineering Education Taiwan)的教育認證。本系大學部及碩士班畢業生的資格可獲得所有華盛頓協定(Washington Accord)簽約國的認可。