本系於民國八十九年開始進行籌備會議及規劃工作，於民國九十年八月正式成立，定名運動競技學系，並於民國九十五年三月完成第一屆碩士班招生。本系主要致力於培育優秀運動選手及專業競技運動教練，並進行提升競技運動之科學研究，以強化我國運動競技實力，增強運動競技能力，期提昇我國國際形象與表現。之後為求理論與實務結合，期以運動科學理論強化運動競技表現，於民國一○一年八月與運動科學研究所進行整併，下設運動競技碩士班與運動科學碩士班。而後為使運動科學能有更多的機會實際應用、使運動競技訓練能有更科學化的分析及規劃，於民國一○六年八月取消學籍分組整成運動競技學系碩士班，並以競技訓練組、競技科學組分組招生，學位名稱教育學碩士。