國立臺南藝術大學七年一貫制音樂學系成立於1997年，為國內首創之特殊專業音樂學府，以其與俄國、歐美等音樂先進國家同步之辦學理念及學制，而廣受各界矚目。本系學生來自台灣各地，每屆以30名為限，目前設有鋼琴、弦樂、管樂以及打擊樂等組別。入學考試分初試及複試二階段，分別於一月及三月舉行，在選才方面，始終能保持多樣靈活的視野與觀點，避免僵化與偏頗。
在師資方面，有來自莫斯科的著名鋼琴教授在校。台籍教授亦均經審慎之過程聘任，大多數具有美、德、法、奧等國之長期學習或工作背景。另外，本系數次邀請世界著名之音樂家作為期一至數週不等之客座教學，最長亦曾達一年，希望帶給學生更多樣的音樂文化刺激。

此外，本系努力培養學生身為音樂家的自覺，注重其自主的學習態度，因此經常舉辦許多音樂會，並鼓勵學生自辦音樂會，讓學生實際參與所有的過程，包括策劃、宣傳、演奏的練習、樂器的搬運等等。除了傳統的上課方式，本系經常混合老師與學生共同演出，讓學生從實際工作中學習。也因這樣多元的機會與經驗本系學生（不論在校或畢業）在校外表現出來的敬業精神、以及個人技藝之純熟，皆獲得肯定。

本校於 2005 年成立音樂表演與創作研究所，透過專業的研究與技巧學習，培養具有深厚學養、學術根底及具國際觀的二十一世紀現代音樂家；為使人力、物力之資源，可以得到更有效的運用，音樂表演與創作研究所於99 學年度整合成音樂學系碩士班，設有鋼琴、弦樂、管樂以及聲樂等組別，持續為培育高級演奏及創作人才而努力，也使本系的音樂教育更豐富完整。