民國81年11月金門解除戰地政務，開放觀光後，各項建設突飛猛進，惟仍缺乏大專院校，以培育優秀人才，提昇地方之學術文化水準。經地方人士多方爭取與努力，教育部技職司吳清基司長於民國84年7月3日偕同國立高雄科學技術學院（現為國立高雄應用科技大學）黃廣志校長、及相關單位主管人員一同赴金門考察、座談，研討在金門設置二專學程之可行性。經研討決議，請國立高雄科學技術學院在金門設立分部，並於民國86年7月經教育部核定後正式成立，民國86年8月2日，教育部吳京部長親赴金門主持掛牌揭幕典禮，金門第一所高等學府於焉誕生。
經過6年的經營，國立金門技術學院正式於民國92年8月1日獨立設校，首任校長為李金振博士，並由教育部長黃榮村親自主持佈達揭牌儀式。
民國99年6月14日獲教育部同意本校改名為《國立金門大學》，民國99年8月1日揭牌，李金振博士獲聘為首任校長，教育部長吳清基親臨主持佈達、授印儀式。
民國103年8月1日黃奇博士獲聘為本校第二任校長。

資料來源

本校據發展歷史沿革或其現有基礎，檢視學校辦校特色，分析內外部環境 分析，並對學校優勢、劣勢、機會與威脅進行綜合考量，研想因應作為， 就其學校定位與教育目標相關理念提出學校發展願景，以為校務推動持續 追求之明確長遠目標。 本校發展願景為「傳承閩南文風、打造現代書院，發揮地理優勢、建構兩 岸學術交流重鎮，強調創新、關懷社會，發展島嶼經營典範之精緻型特色 大學」。