本系於民國八十年成立，原名為食品衛生科（二專部），主要以培育食品衛生管理專長之人才。民國八十八年本校改制為技術學院，食品衛生系同時設立，開辦二技日間部及二技進修部。八十九學年度起，本系招收四技日間部及四技進修推廣部。為配合國內外食品產業的現況及未來的發展趨勢，本系自九十學年改名為食品科學系，計有二技、四技的日間部及進修部等學制。九十五學年度本校改名為科技大學，本系編入健康科學學院，同學年度二技日間部及進修部停招。九十七學年度成立「應用保健食品研究所」。九十八學年度更名為「食品科學研究所」。

本系致力於食品檢測、食品衛生管理及生化保健之教學與研究，而此食品檢測與食品衛生管理之目標，是本系之發展特色，由早期以基礎檢測分析與微生物檢測為主軸，到現在增加分子檢測，生物感測及機能性評估與抗氧化能力檢測之研究與教學內容，可因應社會層出不窮的食品添加物與食品安全問題，而生化保健之目標也與現今保健食品，高齡社會產業蓬勃發展趨勢相呼應，本系持續調整研究與教學之目標，以呼應時勢之發展。

(一) 辦理與社會需求相關的學術研討會，以調整系上教師默契，使系之教學研究方向更貼近產業需求及未來趨勢
(二) 教師研究計畫取得與執行貼近學術領域之知識發展、技術進步
(三) 積極參與產學合作計畫與建教合作
(四) 落實技職教育「學中做、做中學」之理念
(五) 培養學生具學術研究能力
(六) 培養學生具就業能力

本校教育宗旨即『培養醫學技術專業人才，強化醫療功能，健全醫務管理，增進全民健康，達成醫療現代化的目標』。本校之教育目標為培養術德兼備的生醫科技、經營管理、健康科學人才。健康學院之教育目標為『培育民生健康產業研發與服務相關的專業人才』。本系之教育目標完全配合學校以及學院之目標而訂定，為『培育食品科學及技術之食品衛生管理及食品檢驗分析等工作之專業人才』，期能培育出符合投入我國食品產業所需之實務人才或具繼續進入研究所深造之研究能力的人才。本系用心辦學，並配合社會脈動，不斷改善課程、師資、圖儀設備等、充實教學內容、培育人才並致力於基礎或應用研究，期望對食品科學界、相關產業及社會大眾作出貢獻。

本系師資專長符合食品分析、食品微生物、食品加工及營養保健等。本系之課程分為食品分析與檢驗、食品加工、營養生化與保健等領域，其中食品衛生與安全、食品分析與檢驗類為本系之教育重點及特色，賦予學生理論與實務兼備的學習，以充實其就業競爭力。

食品科學系未來的發展重點：

1. 持續提昇本系教學品質與研究水準，使學生能有更好的學習環境與風氣，教師有更良好的教學研究環境與設備。
2. 培育學生有敬業樂群精神，使學生能有良好工作態度，將來為社會所用。
3. 輔導學生報考專業證照及強化學生就業輔導，提昇學生就業競爭力。
4. 加強擴大輔導學生至業界實習或參加教師專題研究，以強化學生就業或升學能力。
5. 加強與產業界的合作及提供服務，掌握產業趨勢與脈動。
6. 積極參與社會服務工作以及加強與高中職進行策略聯盟。
7. 擴展國際交流，進行學術交流，加強交換學生，強化學生之國際觀。