臨床藥學組：除修習一般基礎及專業藥學課程外，另需增修臨床藥學課程，包括藥物諮詢、臨床藥物動力學、臨床毒物學、臨床檢驗判讀，並需全學期至教學醫院實習臨床藥學。
製藥科技組：包括中草藥的製備技術、生物科技的認知及藥物合成和純化等技術。除修習一般基礎及專業藥學課程外，另需增修生物技術、工業藥學、製藥技術，並需全學期至製藥廠或生技公司實習。
藥業經營組：包括經營社區藥局及藥品行銷的能力。除修習一般基礎及專業藥學課程外，另需增修醫藥經營學、藥業經營學、藥品流通管理學，並需全學期至連鎖藥局、社區藥局或藥品公司實習。

§ 就業展望
學生畢業後可參加專門職業技術人員藥師高考及公務人員高考以取得藥師執業資格，並可取得擔任公家醫院之藥師資格，畢業生可依其興趣至醫院藥局擔任藥師，至藥品公司擔任藥品行銷經理，自營中西藥局，至連鎖藥局擔任藥師或至藥廠從事藥品製造或品管。有證照者起薪約45,000-60,000元，比一般大學畢業生起薪高2-3倍，並有升遷希望。