本校創立於民國47年，是全國最早的婦嬰助產職業學校，以「人的健康」為核心宗旨，秉持「專業、關懷、宏觀、氣質」的教育理念，以培育優質全方位的健康科技人才為目標。民國47年，創辦人暨董事長張鵬圖醫師投入所有行醫積蓄，於屏東縣東港鎮設立輔英科技大學前身「婦嬰高級助產職業學校」，為當時全國第一所私立護理職業學校，並於民國86年03月獲准改制技術學院。民國91年改制科技大學。

民國83年依社會需求設立「環境工程衛生科」，自成立以來，在研究與教學上深獲肯定。民國91年本系設立研究所，招生碩士班學生，以培育高階之環境專業人員，提供精緻優質的學習環境。辦學績效優越於民國94年及民國99年分別獲得教育部科大評鑑一等佳績。民國96年通過中華工程教育學會工程及科技教育認證，國際華盛頓協定(Washington Accord) 所有會員國皆承認本系畢業生學歷及教學品質。民國101年經行政院環境保護署認證通過設置「環境教育機構」，協助政府推廣環境教育人員訓練、環境講習工作及協助本系學生在畢業前均取得環境教育人員認證資格，職涯發展更多元。民國102年經勞動部認證通過設置「下水道設施操作維護-水質檢驗乙級技術士術科檢定考場」；民國104年設立全臺唯一環工機電整合實習工廠，提供機械、電機與資訊群學生，學習與就業無縫接軌，成為培育全國水資源再生廠長的搖籃，該實習工廠於民國105年經勞動部認證通過設置「下水道設施操作維護-機電設備乙級技術士術科檢定考場」，輔導本系學生可就地考取證照，提升就業競爭力。

本系目前招生學制為日間部碩士班(1班)、日間部四技班(2班)與進修部四技班(1班)，在校學生共計約387人（碩士班學生約26人、大學日間部四技約234人、大學進修部四技約127人）。

為使本系各項事務能順利推動，設置各任務工作小組(工作小組含組長一員與組員數名)，包括學生事務小組、學生課外活動小組、實習輔導與產學合作小組、證照輔導小組、課程規劃小組及教學品質小組。此外亦設置各類委員會如教師評審委員會、專業課程委員會、實習委員會、精密儀器管理委員會、教學品質保證委員會及推動教師進行產業研習或研究委員會等，協助系主任規劃執行相關系務工作。