自民國88年本校設立護理管理系二技學制(本系前身)起，至今已有21年的歷史，開始一直以醫務管理系或護理管理系對外招生，民國94年本校第一次的科技大學專業系所評鑑，醫務管理系與護理管理系均榮獲評鑑一等的優良成績，顯示外界對本系用心辦學的成果相當肯定。 後來，本系將醫務管理與護理管理相關資源進行整併，並配合健康產業的發展趨勢以及健康促進觀念的推廣，發展健康事業管理特色課程，自99學年起以「健康事業管理學位學程」繼續培養更多符合健康產業需求的專業人力，102學年起更名為「健康事業管理系」，107學年增設碩士班。目前有碩士班、二技日間部、和四技日間部三種學制。本系的歷史沿革
民國47年 創立輔英科技大學
民國88年 成立護理管理系二技學制
民國92年 成立醫務管理系二技學制
民國99年 成立健康事業管理學位學制
民國100年 成立健康事業管理學位學程四技學制
民國102年 更名健康事業管理系
民國109年 成立健康事業管理系碩士班

《現況描述》
醫管尖端職場 輔英健管人才輩出
健康事業人才雙核心： 健管=健康促進+經營管理(跨領域整合)。二大就業主軸:醫療產業、連鎖健康流通產業管理師。
熱誠具實務經驗的教師群
健管系教師專業能力強、教學技能強、業界實務經驗強，產學關係強。
面向需求殷切的職場
醫療帳務、疾病分類、健保申報、行銷企劃、創新服務設計、研究助理、市場調查與資料分析師等管理職務需才孔亟。
創新課程設計
雙核心 + 三個就業模組
健康與管理跨領域知能雙核心：
第一個核心：健康核心概念
第二個核心：管理核心概念
具備健康產業機構人才的三大就業能力模組：
醫療照護機構經營管理 。
健康資料分析決策 。
醫療創新服務設計。
培育健康產業高端人才的碩班
碩班不易籌設，教育部仍准本系設置碩士班，顯見培育人才的教育品質與發展方向受肯定。