本系之設立源於配合政府於民國63年公佈實施之「勞工安全衛生法」，為培育職業安全衛生專業人才，於民國65年設全國首創本系前身『工業安全衛生科』。首任科主任為何先聰教授擔任，首屆招收一班五年制日間部學生。民國72年增設二年制專科夜間部，民國77年增設二年制專科日間部。

環境永續學院」秉持「厚生利民」精神及「教授應用科學與技術，養成實用專業人才」之本校辦學宗旨，規劃「環境資源管理與科技應用、空間資訊環境產業規劃、防災與安全衛生管理」為三大發展主軸。本系之設立與發展，即依循「防災與安全衛生管理」之主軸，以防止職業災害與保障勞工安全與健康為目標。

民國85年因辦學績效卓越，本校報部申請奉准升格為嘉南藥理學院，本系亦更名『工業安全衛生系』(附設專科部)，並於日間部與進修部招收學士班二年制技術系學生各兩班。民國87年五專部停招，次年日夜二專部停招並增設四年制技術學系招收日間部與進修部四技生。民國89年本校報部正式改名為嘉南藥理科技大學，最後一屆五專於91年畢業後，正式結束附設專科部。

本系為因應各行各業對安全衛生管理之需要，民國92年八月更名為『職業安全衛生系』。96年成立產業安全衛生與防災研究所碩士在職專班，隔年開始招收日間部碩士生，為了因應教育部系所合一政策及整合系所資源，102年產業安全衛生與防災研究所併入職業安全衛生系，103年學校也再更名為嘉藥學校財團法人嘉南藥理大學。

本系成立迄今已逾四十年，經歷任系主任之規劃及全系師生之共同努力下持續發展，系務蒸蒸日上，是全國職業安全衛生領域擁有最多校友的系科，培育的畢業校友在國內產業的安全衛生管理領域，更有卓越的表現。