本系成立於民國五十五年，為崑山科大最早成立的科系之一。
民國五十五年：設置五年制專科部(已停招)
民國六十年：增設二年制夜間部
民國六十一年：增設日間部二年制技藝班(民國六十二年停招)
民國七十八年：增設日間部二年制機械工程科汽車組
民國七十九年：增設日間部二年制機械工程科製造組及汽車組
民國八十二年：增設夜間部機械工程科動力組(含進修部)
民國八十七年：成立大學四技部
民國九十年：成立研究所碩士班
民國九十一年：成立研究所碩士在職專班
民國九十三年：機械工程系汽車組更名為機械工程系智慧車輛組
民國九十四年：辦理產業研發碩士專班(九十三學年度第二學期)
民國九十四年：成立國際學生碩士班
民國九十五年：成立國際學生學士班
民國九十六年：開始招收研究所博士班學生(機械與能源工程研究所博士班)