本系於民國84年首先成立碩士班及四技日間部。於民國85年招收進修部二年制(二技)學生。民國88年起開辦碩士在職專班。90學年度起日間部四技增為雙班。民國92年成立生物技術研究所碩士班，民國96年設立生化科技所博士班，二所於97學年度整併，更名為「生化科技研究所」。101學年度原生化科技研究所與應用化學系進行整併，形成一系二所之架構。

本系以化學技術為基礎，以生化科技與材料化學為應用之教學研究單位。統合教學、研究、服務與輔導四項工作內容，落實基礎科學教育之銜接、強化教學成效與提升學習品質，培育具有基礎科學素養之應用化學人才。落實建教合作，務使「學術」與「實務」訓練並重。持續推動在職教育，促進學術與產業之交流合作。