自動化工程科成立於民國77年8月1日，大學部成立於民國86年，主要在培育優秀自動化工程專業人才，提昇我國自動化產業的人力素質。本系強調理論與實務並重之教學，重視學生獨立思考與創造能力之培養。本校因地處中部科學園區虎尾基地旁，是中臺灣創新科技發展重心之一。

無論是精密機械、光電產業或其他高科技產業，對精密度的要求皆很高，要達到高精密度，必須仰賴高級控制系統技術與光學檢測系統技術，而要將開發的技術應用在產品上時皆需要機電光系統技術配合，要進行國際競爭力需藉助於創新設計與可行性評估，尤其在產品化技術需具有機械設計製造與分析技術來實現。目前臺灣由於勞動成本提高，很多產業已陸續將生產與研發基地外移，因此為持續提昇臺灣高科技產業的產值與競爭力，須培訓自動化工程專業人才。本系配合國家精密機械發展與工業技術向下扎根及企業對自動化技術需求，建構在本系特色與能量，著重於機電光整合系統，發展重點以系統整合、自動控制、製造管理等技術為發展主軸，分機械/製造管理、自動控制系統、量測/系統整合三組，課程規劃分成機械、資訊管理、控制技術、量測與機電整合等五大領域，針對基礎、專業、進階與實作等課程進行授課，實驗室分成共通實驗室與特色實驗室，培訓學生具有自動化工程之系統智能與技術能力。

本系目前教師15位專任與2位兼任教師，四技生418位與碩士生56位學生，生師比為29.6，參閱表0-1。