本系教育目標在配合國家海洋產業人才需求，以培養適任航海人員訓練、發證及當值標準國際公約(STCW)之ㄧ等商船船長與船副為主；及與海上運輸相關之經理人才。為了強化教育目標，除積極培育海運業務相關人才，並兼顧未來發展教育之需求，辦理相關職場之在職進修與提升研發及建立產學交流管道。本系除五專學生外，二技與四技學生已於九十三年實施海勤與陸勤之教學分流，選擇上船服務或岸上航務工作；於一百年設置研究所，一百零二年設置學士後專班。各學制課程已經日本海事協會(ClassNK)認證，符合聯合國海事組織STCW國際公約對海事相關課程之要求標準。

1948/10教育廳特准本校獨立設校初級部，定校名為「臺灣省立高雄水產職業學校」，下設本系前身駕駛科。
1949/10澎湖水產職業學校高級部與本系合併。
1959/07初級部各班級全部結束。 十二月，改校名為「臺灣省立高雄高級水產職業學校」。
1967/08本校改制為五年制專科學校，改校名為「臺灣省立高雄海事專科學校」，下設本系前身駕駛科。
1969/07校本部所有職業學校學生全部畢業，結束本校辦理水產職業學校之任務，全校改為專科部，下設本系前身駕駛科。
1974/07本系前身更名為航海科。
1979/07/01高雄市升格為院轄市。本校改隸於高雄市，並同時更改校名為「高雄市立海事專科學校」。
1982/07/01改制並改校名為「國立高雄海事專科學校」。
1997/07/01改制為「國立高雄海洋技術學院」，設立二技日間部航運技術、輪機工程、海洋環境工程等三系，並附設專科部。
2002/08航輪兩系遷往旗津校區上課。
2003/08本系二專停招，增設四技部及進修部二技。
2006在本校航運暨管理學院下，增設航海科技研究所。
2012本系成立航運技術研究所。
2013本系成立學士後第二專長專班。
2017本系奉准成立航運技術研究所在職專班。
2018/02原國立高雄海洋科技大學與國立高雄應用科技大學、國立高雄第一科技大學三校合併，並改校名為｢國立高雄科技大學｣