民國81年：教育部核准國立高雄海事專科學校（國立高雄海洋技術學院前身）成立海洋環境工程科始為本系濫觴，招收日間部二專一班。
民國83年：增設日間部二專一班，變為二專雙班。
民國86年：教育部核准成立海洋環境工程系，招收日間部二技一班，同年並增設進修部二專一班。
民國89年：增設四技一班，同時減招二專一班，成為四技、二專、二技各為一班。
民國91年：增設四技雙班及夜四技一班，同時停招二技及二專。
民國92年：招收研究所碩士班同時停招夜二專。
民國93年：四技減招為單班。
民國102年：全系遷入大信樓。
民國107年：加入水圈學院。