本系創立於民國80年7月，至今將近30年，其系發展沿革如下：

80年8月 澎湖分部增設夜二專一班，修業三年。
84年8月 校本部日二專增一班，故日二專變為兩班。
85年8月 校本部增設夜二專一班。
85年8月 澎湖分部獨立設校。
88年8月 增設日二技一班，日二專開始停招一班。
89年8月 增設日四技一班，日二技及日二專再開始全面停招。
92年8月 增設日四技一班，進四技也增設一班。
93年8月 成立「航運管理研究所」碩士班，夜二專開始停招。
94年8月 成立「航運管理研究所」碩士在職專班 (EMBA)。
106年8月 成立「航運管理研究所」博士班。