民國86年
成立熱農研究所

民國87年
招收外籍碩士生及我國援外農業技術團團員進修碩士班

民國90年
設立博士班

民國91年
更名為熱帶農業暨國際合作研究所

民國92年
碩士在職專班(臺東班)

民國93年
設立大學部，更名為熱帶農業暨國際合作系，招收外籍生

民國95年
大學部招收本國生

民國98年
設立甘比亞農業學士學位專班

民國100年
改屬國際學院

民國102年
停招碩士在職專班(臺東班)

民國106年
設立國際熱帶農業科技學士學位專班

本校為提升熱帶農業及其相關領域之研究，於民國86年8月成立「熱帶農業研究所」，翌年開始招收外籍學生及我國援外農業技術團團員前來進修碩士班課程。

由於研究所成立以來，外籍學生逐年遞增，乃於91年8月間更名為「熱帶農業暨國際合作研究所」，復以93年間接受中美洲外籍生前來就讀大學部課程，乃成立「熱帶農業暨國際合作系」，將系所合一，以符合實際教學內涵及未來發展目標。

本系為臺灣首創全英語教學的系所之一，提供學士、碩士、博士學位，培育頂尖人才，廣跨熱帶農業資源規劃、熱帶農業生產及管理，及熱帶農業資源保護及運用領域。

本系與眾多其他系所有緊密連結，其中包括農企業管理、動物科學，水產養殖、食品科學、森林、植物工程、植物保護、農村規劃、獸醫，以及木材工程。本系的特色之一是學生可以根據自己興趣從這些系所中選擇所要研究的內容。

截至2020年，自本系完成學業的學生總計有1,462名，來自61個國家。這些國家如列：白俄羅斯、比利時、貝里斯、布吉納法索、柬埔寨、查德、智利、哥斯大黎加、多米尼克、多明尼加共和國、厄瓜多、埃及、薩爾瓦多、斐濟、甘比亞、德國、瓜地馬拉、格瑞那達、海地、宏都拉斯、香港、印度、印度尼西亞、日本、史瓦帝尼王國、寮國、賴比瑞亞、馬其頓、馬拉威、馬來西亞、墨西哥、密克羅尼西亞、蒙古、諾魯、汶萊、尼泊爾、尼加拉瓜、阿曼、帛琉、巴拿馬、巴布亞紐幾內亞、巴拉圭、秘魯、菲律賓、象牙海岸共和國、吉里巴斯共和國、莫三比克共和國、韓國、塞內加爾、斯洛伐克、索羅門群島、聖克里斯多福、聖露西亞、聖文森、泰國、吐瓦魯、英國、美國、烏干達、越南，以及辛巴威。