一、植物醫學系之前身為成立於民國六十四年(1975)八月之三年制省立屏東農業專科學校植物保護科。
二、成立之初僅教師六員，由當時之校長郭孟祥博士兼任主任，科館位於農專北校區之壹棟白色木造平房。
三、民國六十八(1979)年七月科館遷至南校區，二棟溫室及其工作準備室於其後陸續完成。
四、民國七十八(1989)年元月底，全科又因農專遷校而遷移現址；新系館面積達三千五百平方公尺，環境優雅，內部設計及設備兼具教學及研究功能，是訓練農業技術人才最理想之場所。
五、民國八十年(1991)，國立屏東農專改制為國立屏東技術學院時；植物保護科遂改為二年制植物保護技術系。
六、民國八十六年(1997)，因國立屏東技術學院改制為國立屏東科技大學，停招二年制改為四年制植物保護系。
七、民國八十九年(2000)八月成立碩士班。
八、民國九十七年(2008)八月一日，改名為植物醫學系