本系成立於民國90年，學生來源大部份為商職畢業生，是年輕有朝氣的新興系所。本系使命在培育變動環境中所需之會計專業人才，近年來不斷延攬優秀師資，認真教學，師資優良，獲得普遍好評。為培植更多人才；本系於民國93年成立碩士班，復因校及院級單位之支持，並配合國家發展及地區需要及本校產業化發展策略，推動產業技術服務及人員在職訓練，提供產學各界進修及研究機會，發揮服務及推廣功能；於民國94年成立碩士在職專班，提供社會人士在職進修，提昇就業能力；並於民國101年成立會計博士班，迄今已培育不少會計專才。

本系現有專任教師13人，全部具有博士學位。兼任教師4人，均屬一時之選。本系目前每年招收大學部學生43人(不含外加名額)，碩士班學生26人，碩士在職專班學生24人，博士班3人。

AACSB本校管理學院於民國98年4月19日正式申請加入全球三大商管教育認証機關AACSB(Association to Advance Collegiate Schools of Business)會員。根據2006年英文「商業週刊」及「美國新聞與世界報導」最佳商管學院排行榜，前50名全球頂尖商管學院，全數獲得AACSB認証。雲科大管理管院正進行AACSB前導認證，本系將配合AACSB的認證，朝向優質管理教育目標邁進。