資訊工程系正式成立於民國98年8月1日，其前身為83學年度設立於電子工程系的「電子與資訊工程研究所」。

有鑑於國家及業界對高科技資訊人才之需求，資訊工程系於92學年度由電子與資訊工程研究所中獨立出來，並更名為「資訊工程研究所」，民國94年成立四年制大學部「電腦與通訊工程系」，民國98年正名為「資訊工程系」。