一、服務弱勢族群的能力
二、關懷人文與環境的能力
三、終身更新醫學知能的能力
四、溝通與合作的能力
五、評判思維與自我反省的能力
六、立足國際、追求卓越的能力
七、教學、研究與創新的能力

本系於民國98年創系，以「延續馬偕精神，培養明日良醫」為教育目標，提供醫學生「身、心、靈完整醫治」之全人醫學教育，並結合馬偕醫院既有之臨床醫療、研究與教學能力，傳承與實踐馬偕精神，培育醫學生具備以下五種基本素養與七種核心能力，成為尊重生命的醫療專業人才。
本系之醫學教育課程以雙螺旋結構教學模式，使用模組和PBL學習方法，同時融入「知己、知人、知天、知愛、知用」關懷弱勢之醫學人文精神，並在馬偕紀念醫院醫學中心之臨床醫療基礎支援下，發展出下列五項特色：
(一)從理論到實踐的醫學人文教育
本系秉持馬偕博士關懷弱勢的精神，特別強調對醫學生醫學人文精神的培育。從大一到大六，藉由「知己、知人、知天、知愛、知用」的核心教育目標逐步拓展與深化學生的人文思維，使他們能夠在完備醫學專業知識的過程中，同時學習並尊重對人性的關懷，以達到「全人醫療」的醫學教育。
在一至四年級的學校端教育中，我們強調學生獨立及多元性思考能力的培養，五至六年級的臨床教育則強調理論與實務的連結。不僅在五年級時安排「敘事醫學討論會」，讓學生藉由實地敘事訪談來理解、體會醫療的全貌；六年級時安排兩週「偏鄉醫療」實習，使學生能夠親身參與到不同背景之病人的醫療情境中，以強化他們對文化差異性的認識與尊重。
(二)優質醫學教育
引進優良教學方法，如問題導向教學PBL（problem-based learning)、案例導向學習(case-based learning)、敘事醫學(narrative medicine)及醫學模擬訓練等。採用多元化教學方式，提升小班及互動學習的環境，注重討論、辯論和自省的思考訓練。強調主動學習與團隊學習的動力，例如在PBL學習中推動利用網頁CACOO為平臺讓所有小組組員在電腦上可同時共同劃出該組針對教案探索出的概念圖。
(三)亦師亦友的師生關係
本系每年大一新進學生約45名，精緻小班的教學，使得師生關係相當密切，亦師亦友。系主任自新生入學後，便透過個別面談，認識每位新生及其對醫學系的期待。本系建置完善的基礎導師與臨床導師制度，使學生無論在學校或在醫院皆受到完善之照顧。在大一至大四期間，每位基礎導師平均輔導約15位導生，從大一新生的環境適應、學習方式的調整、人際關係經營、愛情關係…等各種問題給予關懷與輔導；進入臨床實習後，每位臨床導師平均輔導約4位實習醫學生，提供更密切的實習生活輔導與生涯規劃之引導。導師亦結合學長姊對學弟妹作課業輔導。導師定期約談學生，並於每學期舉辦導師會議與師生座談會各2次，強化學生、導師與系上的交流與連結。
(四)暢通學習與就業之管道
本系除了設立教材豐富的外語資源環境，聘任國外理念與本校契合的優異醫療與教育先進，增加學生以英文學習專業課程的機會之外；亦與國外多所一流醫學院校及醫學中心簽訂合作備忘錄，訂立長期觀摩或實習的計畫，並持續拓展簽約區域與國家，且提供交流補助經費，讓學生至國外交流與學習，灌輸學生「醫療無國界」、「世界醫師」的觀念。
馬偕醫院目前有臺北、淡水、新竹及臺東四個院區，許多院區現正在擴編中，本系畢業生就業升遷管道暢通。醫院亦提供完善之出國進修補助，且醫學院於100學年度成立生物醫學研究所、103學年度成立長期照護研究所、108學年度接續增設高齡福祉科技研究所及生物醫學博士班。本系畢業生可依其志趣選擇以臨床服務抑或教學研究為主之生涯規劃，利用七年一貫學程（六加一）使得本系學生可在七年內獲得醫學士及碩士雙學位。
(五)均衡醫療資源，照顧弱勢族群
服務弱勢族群為本系七大核心能力之首，在各分院的支持下，本系於六年級安排「偏遠地區醫療」必修課程，學生可選擇至臺東或新竹馬偕分院見習2週，讓學生瞭解偏鄉病人之照護及就醫的不便，並接觸有別於都市圈少見的臨床案例。除此之外，本系也有不少已進入臨床的學生選擇參加由馬偕醫院所籌劃的行動醫療團，前往吉里巴斯、緬甸等國家進行海外醫療義診服務。透過醫學生之醫學教育與專業職場生涯規劃，讓學生願意至偏遠地區服務，以達均衡醫療及照顧弱勢族群的目標。