佛光大學歷史所於91年8月成立，首任系主任為李紀祥教授。本系於93學年度設立大學部；佛光大學過去以學術研究為主軸，創建之初，蓽路藍縷，時陳捷先教授於本系任教，研究所以清史、史學史研究為主要方向，並曾召開大規模的清史國際學術研討會，海內外清史專家共濟一堂。第45、46屆中國歷史學會亦設於本系，還舉辦過全國歷史系主任會議（於98年11月26、27日舉行），歷年來本系在做為臺灣史學界和國際學術平臺交流，具有一定程度的貢獻。

在現任楊朝祥校長帶領下，本校轉向為教學型精緻大學。目前臺灣各公私立大學院校中，設有「歷史學系」或相近之史地學系，本系成立時間雖相較他校為晚，乃積極思索在教學方向上如何創新。近年在導入評鑑制度後，開始釐清學系自身的教育目標，訂定學習核心能力；在本校學程化、模組化課程制度的推動下，更逐步依教師專才，調整課程與教學目標，除了歷史學系的核心基礎課程外，規劃設計了「史學經典與應用」、「圖像與文化資產」兩大學程，並於去年度開始實施。

歷史為國家凝塑、文化底蘊，族群、地方記憶之所繫，在強調體感經濟的現今、歷史也可做為各種創造人文經濟價值活動和思考的本源，其重要性，惜未為社會普遍重視與理解。面對全球化的競爭，歐盟對未來青年所具有的核心八大指標中，「文化表述力」尤為關鍵，此項能力當奠基在歷史學之上。本校立於山林的絕美學習環境，師生常相濡以沫。在教學活動上，本系即稟持立校以來傳統門生傳習授受之書院精神，於課堂上的教學外，還透過每週固定史籍經典的讀書會，此項傳統已近10年之久，近年更獲教育部經典研讀計劃的經費支持。另外，在研究所部分，每學年的研究所學生論文發表會，均擴大舉行，廣邀全國公私立大學歷史博、碩士生發表論文，並凝聚全所之學術氛圍，促進系、所師生的交流。此之名為「春遊舞雩」的學術研討會。

本系還依照各教師學術專長辦理各項國際級學術研討會，近年舉辦的有如「民間儒教與救世團體國際學術研討會」（2009）、「2010年世界的孔子：孔廟與祀典際學術研討會」、「歷史、儀式與文獻：民間信仰與地域社會」國際學術研討（2011）、「第二屆中國音樂史學」國際學術研討會（2011）、「文化與科學的變奏：近代中國救世團體、信仰文化的發展與未來」國際學術研討會（2012）、以及「萬象更新：現代性、視覺文化與二十世紀中國」國際學術研討會（2013）、「「扶鸞文化與民眾宗教」國際學術研討會」等，從理論方法、嶄新的學術層面嘗試達到與世界學術發展同步的願景，本系建立了獨特性的學術場域，希冀扎根傳統，迎向未來。