配合本校生命科學院以「健康」為目的之發展主軸，朝「健康的身體」、「健康的生活」與「健康的環境」的發展方向。
本系大學部教學目標在培育微生物、免疫、生物醫學及生物藥學方面研究及產業發展所需之人才，課程規劃以使學生具有堅實的生物與化學基礎知識、微生物、免疫與細胞生物基礎研究及醫藥生技產品開發及生產之應用技術為主要目的。在基礎與應用、知識與技術並重的教學訓練，奠定學生在微生物與細胞生物學基礎研究及生物醫藥產業界發展的基礎與競爭力。邁入21世紀人類仍將面臨各種慢性疾病、傳染病、免疫相關疾病及老化之威脅，本系碩士所推動以生物醫學基礎，積極尋求具機能保健功能生物成分之藥物開發、微生物與免疫的研究及應用體系，培育以天然藥物開發、藥物之細胞及免疫功能性評估與微生物應用的生物技術人才為教育目標，推動本土特有生物藥學之學術發展。在臨床上積極與雲嘉地區醫院合作進行醫學研究，並與鄰近生技產業合作，推動以天然藥物開發(包含癌症、心血管疾病及抗氧化功能的功能性評估)，老人免疫及生質能源等為主的產學研究。本碩士班培育學生至少具備微生物、免疫、生物醫學及生物藥學四種領域中一種以上專長，並能學得專利智慧資產保護，在畢業後能從事基礎醫學研究、天然藥物產品開發及功能性評估等專業人才。

本系大學部課程規劃包括必修之生命科學院共同課程：普通化學、普通化學實驗、微生物學、微生物學實驗、分析化學、分析化學實驗。微藥基礎學程：生物學、生物學實驗、有機化學、有機化學實驗、生物化學、生物化學實驗、細胞生物學。微藥核心學程：進階微生物、分子生物學、天然活性物質、免疫學、藥物化學、疾病與免疫、藥理學、生命科學專題研究(Ⅰ)(Ⅱ)。

專業選修課程規劃為三個學程包括微生物免疫學程：生物醫藥導論(Ⅰ)、微生物與生物科技、遺傳學、疾病與病毒、應用微生物、生物統計學、抗原呈現細胞於醫學上之應用、細菌致病機制、進階分子生物學、生物資訊、免疫醫藥趨勢與專利等。生物醫藥學程：生物醫藥導論(Ⅱ)、基礎醫學導論、人體生理學、細胞組織培養技術、分子醫學、生物統計學、進階分子生物學、腫瘤生物學、儀器分析、血液學、基礎自由基醫學、化學治療法等。生技醫藥產業學程：智慧財產學概論、實驗動物學、細胞組織培養技術、臨床檢驗技術(Ⅰ)(Ⅱ)、臨床檢驗技術實習(Ⅰ)(Ⅱ)、分子分析應用、藥物萃取與活性分析、分子醫學與檢驗、生質量產單元操作、免疫醫藥趨勢與專利、疫苗技術、職場經驗傳承等。專業選修課程將隨科技及重點特色產業發展趨勢而異動，學生須修讀本系專業選修課程32學分以上，且至少擇2學程修畢。
生命科學專題研究為本系之特色，期望培養理論與實際應用兼備之優秀學生，具備產業與研究發展所需之知識與技術，期待學生藉由進入系上老師研究室從事專題研究了解所學課程於研究領域之應用，訓練學生實驗操作之技術，落實學用合一之理念。

自國立嘉義大學於89年2月正式成立，同年8月成立生命科學院；90年8月，應用微生物學系成立；91年8月，生物藥學研究所成立。微生物與免疫學系/生物醫藥科學研究所自94年12月27日起行政合併運作。95年8月，應用微生物學系申請更名微生物與免疫學系，並增設微生物與免疫學系碩士班。96年8月，生物藥學研究所更名生物醫藥科學研究所。98年1月中草藥暨微生物利用研發中心由生命科學院附設中心，更動為微生物與免疫學系附設中心。98年8月微生物與免疫學研究所併入生物醫藥科學研究所。99學年系所合一及更名為微生物免疫與生物藥學系。

本系所十三位老師分別從美國(3)、日本(1)、瑞典(1)、德國(1)及本國(7)獲得博士學位，依專長分為四個領域：以生物醫學為基礎發展微生物、免疫及生物藥學三項主要領域。利用本系所老師建立之中草藥暨微生物利用研發技術平臺，積極推動中草藥的開發及其在動物和細胞功能性評估和微生物感染的防治，提昇本系所在基礎醫學及產學合作的應用研發能力。

本系所現有大學部學生約251位，碩士班學生約33位，培育專精於生物醫藥、免疫學、應用微生物學與分子微生物學之優秀學生，作為日後發展生物技術與生命科學產業之儲備人才。微生物與免疫學系/生物醫藥科學研究所97及98學年度增設「博士班」，雖未獲通過，仍將繼續申請。