國立嘉義大學於89年2月1日由國立嘉義技術學院和國立嘉義師範學院整合而成，為雲嘉地區最具歷史與規模的大學，也是我國第一所整合成功的綜合大學。同年教育部審查通過分子與生物化學系、生物科技研究所增設案，自89學年度開始招生，96年系所合併並精簡原有系名為生化科技學系。
本學系的設立宗旨配合學校「具卓越教學與特色研究之綜合大學」之自我定位及生科院之重點發展方向，建構優質生化科技領域教學與研究環境，以培育具備現代生化科技專長之專業人才為目標，並積極提升生化科技及生物醫學相關研究質量，因應未來生物科技產業之發展及人才需求。教育目標則以生物為研究對象，以化學為實驗工具，強調生物化學、分子生物學與細胞生物學等基礎知識之傳授，將專業核心能力融入各學科教材，引領學生探索生命科之奧妙。