水產生物學系為配合水產生物科技與水產養殖產業之發展脈動，在兼顧水族生態環境與保育之原則下，進行各項學術研究與實務技能之訓練，培訓學生成為水中生命科學及其相關產業之全方位專業研發人才。整合教師研究團隊，結合鄰近水產試驗機關推動各項產學合作與推廣輔導，促進彰、雲、嘉、南地區之水族產業升級。

(一)教學方面：以提升教學品質為重點，落實教師專業發展績效，積極進行與時俱進之課程改革，並將課程聯結產學脈動，聚焦培養業界需求人力。

(二)研究重點：本系研究主要劃分2大學群：

水生生物科技學群：包括李安進老師 (酵素純化及藻類天然物萃取)，陳哲俊老師 (微生物及免疫) ，郭建賢老師(分子生物及分子演化) ，包括吳淑美老師 (魚類重金屬、水族環境適應)，郭世榮老師(魚類分類及生態學)，陳淑美老師 (甲殼類生理、環境生物及藻類)。兼任教師(魚病研究) 。

水產養殖學群：包括黃承輝老師 (飼料加工、水域生物營養) ，秦宗顯老師 (水產養殖環境、藥物殘留分析)，賴弘智老師 (水質檢測及管理、淡水溪流魚類保育、藥物環境殘留)，董哲煌老師 (觀賞魚及淡水魚類繁養殖)。