民國 八 年 四 月創立「臺灣公立嘉義農林學校」，校址設於嘉義市山仔頂（即今嘉義高商）。設置初農三年制，分農、林二科。
民國二十七年 七 月校址遷至嘉義市民生南路（即今民生校區）。
民國三十八年 十 月接收農林公司所屬紅毛埤種畜場（即今蘭潭校區）。
民國四十三年 八 月歷經增加設科、變更修業年限及改制易名，更校名為「臺灣省立嘉義示範高級農業職業學校」。
民國五十一年 七 月成立農業土木科，設置高農三年制（歷三屆）。民國五十四年 三 月改制為專科學校，易校名為「臺灣省立嘉義農業專科學校」，設置專科五年制。農業工程科成立。
民國五十九年 七 月農業工程科分設農業機械及農田水利（歷五屆）二組。
民國六十四年 八 月配合本校專科二年制增設，農田水利組暫停招生。
民國六十六年 八 月農業工程科農田水利組恢復招生（再歷二十三屆）。
民國六十九年八 月農業工程科二組分別成立農業機械工程科與農田水利工程科。農田水利工程科下設水工與材料試驗場，並增設夜間部專科二年制（歷二十屆）。
民國七十 年 七 月改隸中央，更校名為「國立嘉義農業專科學校」。
民國七十年 九 月蘭潭校區大智樓（即今生命科學院館）完工，本科、水工與材料試驗場遷入使用。
民國七十年十一月本科材料試驗場建教合作計畫正式實施。
民國七十二年十一月教育部專科學校評鑑（ 69-71 學年度），本科列二等。
民國七十四年 一 月校本部遷至蘭潭校區。
民國七十五年 十 月蘭潭校區農工館（即今工程館）完工，本科陸續遷入使用。
民國七十五年十一月教育部專科學校評鑑（ 72-74 學年度），本科列一等。
民國七十八年 八 月本科易名為農業土木工程科。水工與材料試驗場落成啟用。
民國七十八年十一月教育部專科學校評鑑（ 75-77 學年度），本科列一等。
民國七十九年 八 月本科增設專科二年制（歷十屆）。
民國八十一年十一月教育部專科學校評鑑（ 78-80 學年度），本科列一等。
民國八十四年十一月教育部專科學校評鑑（ 81-83 學年度），本科列一等。
民國八十六年 八 月改制為技術學院，易校名為「國立嘉義技術學院」。本科更名為農業土木工程系，設置技術學院二年制。本系教師及系友籌組財團法人嘉農土木文教基金會（即今財團法人嘉農土木教育事務基金會），設置獎助學金獎勵本系學生。
民國八十九年 二 月改制為大學，「國立嘉義技術學院」與「國立嘉義師範學院」整併為「國立嘉義大學」，校本部設址蘭潭校區。本系易名為土木與水資源工程學系，隸屬理工學院。
民國八十九年 八 月本系設置大學四年制，並增設進修部技術學院二年制。
民國九十一年 八 月成立土木與水資源工程研究所，設置碩士班。
民國九十二年 七 月邱一盛教授退休。
民國九十二年 八 月理工學院成立土木防災研究中心。本系增設進修部大學四年制（即進修學士班）。本所增設進修部碩士在職專班。
民國九十三年 五 月2004 全國大專校院土木盃運動會在蘭潭校區舉行。
民國九十四年 七 月張志強老師退休。
民國九十四年 九 月黃天福老師退休。
民國九十五年 八 月黃中偉老師退休。
民國九十五年 八 月新聘陳建元、蔡東霖兩位老師。
民國九十五年 八 月大學部二技停招。大學部分甲、乙班
民國九十六年 五 月教育部評鑑(通過)
民國九十七年 八 月進修部二技停招
民國九十八年 八 月大學部甲、乙二班改分土木組及水利組。
民國九十九年 十 月材料場停止營業，100年三月復業。
民國100年二月王敬忠技士退休。
民國100年 三 月材料場復業。
民國100年八月朱淑惠技士到任。
民國100年 九月材料場於100.9.28通過TAF認證。
民國100年十二月100.12.14~15舉辦第20屆水利研討會。
民國101年二月黃景春老師退休。
民國101年五月101.05.28材料場AC壓實度、厚度、標準夯打、密度/比重、洛杉磯磨損試驗增項通過TAF認證。
民國101年十月101.10.24第二週期大專院校系所評鑑(系所自評)
民國101年十二月101.12.10中華工程教育認證(IEET)第二週期評鑑(實地訪評)
民國102年四月102.04.08通過中華工程教育認證(IEET)第二週期評鑑
民國102年四月102.04.22~23第二週期大專院校系所評鑑(實地訪評)
民國102年九月大學部甲、乙二班減招成一班、不分組。
民國102年十二月通過第二周期大專院校系所評鑑。
民國102年黃景春教授獲聘為本校名譽教授(終身)
民國103年二月劉正川教授退休
民國103年劉正川教授獲聘為本校名譽教授(終身)
民國103年九月材料場於103.09.28通過TAF延展認證
民國106年十一月舉辦臺灣混凝土學會2017年會暨混凝土工程委員會