應用化學系是結合基礎化學之相關知識與實用技術以建立學生良好的化學學識基礎為目標的科系。本系結合教育與產業資源以不同課程及實驗培養學生獨立思考、注重專業技術之養成訓練，使其具備跨領域之能力。本系研究結合當代科技及產業發展趨勢，著重於對材料、生物、醫藥、農業及能源等相關物質之合成、分析、感測及特性研究。

本系教師研究方向包括醫、農藥物之合成、材料合成、分析化學與生物化學。在基礎授課分流之外亦邀請相關業界具多年實務經驗之專家蒞校傳授經驗，介紹產業應用技術發展現況，縮短學用落差。本系鼓勵學生申請科技部大專生專題研究計畫或加入老師研究室修習專題研究課程，加強學生的實做與解決問題的能力。

本系教學重點在加強學生基礎化學並將之應用於生物醫學奈米材料及環境化學之上，故本系學生在就業及深造上皆有極佳之機會與發展。於化學領域本身之產業及學術研究有極佳之發展外，亦可於生物醫學技術、材料技術（奈米材料、光電半導體材料、精密陶磁等），環境污染防治技術等相關化學應用技術產業及學術研究上發揮所長。