課程規劃除在通識素養與共同科目之課程外，本系專業課程係以動物產業發展趨勢與科技發展為主軸，共規劃四大學程模組課程。實際必修、選修課程則依當入學年度安排為準，並隨時依學生需求及時事變遷增設課程。

為強化學生專業課程與實務結合，或教師授課需要，將適時安排校內牧場實習、業界見習及校外實習。研究所：
本所學生畢業時需修滿至少30學分，包括碩士論文6學分、專業必修4學分及專業選修20學分。
大學部：
本系學生在畢業時需修滿至128學分，包括通識教育必選修30學分、專業必修53學分、專業選修45學分（至少應修畢及格本系專業選修30學分），並規劃為動物生殖生理領域、動物營養與飼養領域、動物遺傳育種領域、動物產品利用領域及經營管理與休閒領域等五大領域課程。
系基礎課程
普通化學、普通化學實習、生物化學、生物化學實習、生物統計、生物統計學實習、農業概論、動物學、動物學實習、動物場實習、校外實習、實務專題研究I、實務專題研究II、專題討論I、專題討論II。
系核心課程
動物營養學 I、動物營養學II、遺傳學、遺傳學實習、動物育種學、動物繁殖學、動物繁殖學實習、反芻動物學、反芻動物學實習、單胃動物學、單胃動物學實習、動物解剖生理學I、動物解剖生理學實習I、動物解剖生理學II、動物解剖生理學實習II、肉類產品加工學、肉類產品加工學實習、乳類產品加工學、乳類產品加工學實習、禽學、禽學實習、動物產品產銷及經營學
動物生產課程(選修)
小動物生理學、實用犬貓生理學、家禽生理學、胚胎學、動物生殖技術學、營養免疫學、代謝生化學、內分泌學、泌乳生理學、飼料作物學、飼料營養分析、飼料分析實習、維生素與礦物質、飼料原料與配製、飼料添加物、飼料製造學、飼料品管、觀賞鳥學、鸚鵡學、肉牛學、羊學、鹿學、兔學、水禽學、動物場自動化工程概論。

1.本系畢業生可參與國家考試就業於政府行政部門、技術輔導部門、畜產試驗所、臺糖所屬各畜殖場或企業牧場、肉品加工廠、家畜屠宰廠、冷凍調理食品業、飼料廠及各大藥廠等，擔任生產、行銷或研發工作，另可斟酌自己的能力和財力，考慮自行創業。

2.本系畢業生可進入動物科學研究所、生物技術研究所、食品研究所或其他與動物相關之研究所就讀。