本系前身為民國38年成立之臺灣省立地方行政專科學校民政科，翌年改名普通行政科。民國44年，臺灣省立地方行政專科學校與臺灣省立行政專修班合併，改制為臺灣省立法商學院，行政專校普通行政科與專修班普通行政科及教育行政科合併為行政學系。民國50年，省立法商學院與省立農學院合併，改制為省立中興大學。民國56年，行政學系改稱公共行政學系。民國58年，增設夜間部，並於民國75年增班。民國60年，省立中興大學改制為國立中興大學。