長榮大學於民國八十五年設立航運管理學系，教育目標為「培養專業且奉行企業倫理、服務人群、及腳踏實地 之海／空運基礎專業人才」。

本系於民國九十二年奉准設立碩士班，其宗旨在於精進海空運經營管理學術，培養具有創新思考及國際視野的海／空運專業人才。碩士班之教育目標設定為「培養專業且奉行企業倫理、服務人群、及腳踏實地 之海／空運中階專業人才」。

臺灣四面環海，海運與空運之發展深遠影響臺灣的經貿實力，鑑於國家對海空運業經營管理人才需求殷切，加上國際貿易與兩岸交流日益頻繁與穩定，航運管理人才之需要及培養相當之重要。本系自民國八十五年設立以來，以培養具備航管專業且奉行企業倫理、服務人群、及腳踏實地之海空運業經營管理人才為使命，近年更貫徹培養學生養成三大核心能力：航管專業知識、表達溝通能力及實作能力。

目前本系畢業系友多就業於海空運相關事業，包括航空公司、海運公司、貨物承攬業及國際物流業、國際貿易業等，而且多位傑出系友皆已擔任一級主管職務。

此外，本系亦於民國九十二年奉准設立碩士班，碩士班設立宗旨在於精進海空運經營管理學術，培養具有創新思考及國際視野的海空運業經營管理企劃人才，並養成航管專業知識、表達溝通能力、問題解決能力及國際觀。

本系於106年8月通過華文商管學會(ACCSB)認證，持續推動課程改進與教學品質改善。