國立臺南大學生態暨環境資源學系成立於2008年，為國立大學中唯一以生態學理論與應用及生態保育為教學與研究主軸的科系，是一個跨科際領域的學系，符合國際發展趨勢與前瞻性。本系設立宗旨在探討人類活動對於環境與生態之衝擊，運用生態學理論於環境管理，發展生態友善產業。本系發展方向包括：(一)生態科學與生態保育：生態與環境研究和調查、野生動植物保育和棲地經營管理。(二)環境資源管理與復育：環境復育與生態工程、環境資源規劃與管理。(三)生態旅遊與環境教育：生態社區規劃、生態旅遊經營管理、環境教育、生態導覽解說。