大學部
1.對生物科學知識有專業理解能力
2.對生物科學知識及技術有運用能力
3.運用所學知識執行實驗能力
4.具有撰寫報告及專業語文能力
5.維持良好人際互動、溝通與團隊合作能力

碩士班
1.運用生物科學知識及技術之能力 
2.將生物科學相關技術實施於產業應用的能力
3.針對生技主題，收集中外文獻，進行重點摘要與整合綜論的能力
4.設計與執行實驗，解釋數據，與說明實驗結果的能力
5.將研究成果撰寫成書面報告與口頭發表的能力
6.與同儕良好互動，溝通討論，協同合作從事研究的能力
7.熟悉科學研究的倫理規範，瞭解生物科技對人類社會的衝擊
8.具備環境保育意識，理解專業與社會責任

本系以臺南地區生物產業技術發展應用為藍本，採生物科技研究與教學實務並重，並積極結合校內相關系所之研究基礎與特色，加強學生有關環境、農漁業、微生物及醫藥科技之訓練與學習。
本系為配合在地生物產業技術及校區設置計畫之需求，著重有關環境與醫藥生物科技的應用，將教學及研究分成「水域環境生技」與「保健醫藥生技」兩大領域。
水域環境生技
臺南大學為全臺唯一設有環境與生態學院之綜合大學，生科系為兼顧地區性產業特色與配合學院發展目標，將環境生技列為系所發展的首要目標。除了積極籌設健康水環境研究中心，並結合鄰近政府機構，如：水產試驗所、臺江國家公園，特生中心，共同為開創臺灣西南部地區健康水環境的目標努力。
保健醫藥生技
本校位處南部醫療中心鄰近地區，近年來教師與成大醫學院進行多面向的合作研究。另外，利用微生物發酵製作保健產品與生殖醫學的相關研究成效卓著。因此，生技醫學與保健產品開發為本系具有競爭力的特色之一。

大學部
1.著重基礎生物科學教育及生物科技知識的應用
2.落實生物科技實作
3.提昇專業語文溝通及團隊合作

碩士班
1.提昇生物科技知能及激發從事相關產業研發的潛力
2.培育生物科技產業的實作人才
3.掌握與統整資訊及發表研究報告的能力
4.培育邏輯思考及問題解決的生物科技人才
5.強化溝通協調與合作的精神
6.遵循生命科學發展的道德與倫理規範