本學系秉持特殊教育精神，重視因材施教與正向支持，讓學生能有效學習，更強調引領學生發展出對教育與研究的正向態度與由衷熱忱。以下具體說明本學系的三項特色：
一、師資多元、專業，可提供學生各類特教課程與國際視野
本學系目前有14位專任教師，均具國內外知名大學之博士學位，且皆學有專長，涵蓋各類特殊教育與輔助科技領域，包括：智能障礙、學習障礙、聽覺障礙、視覺障礙、自閉症、情緒行為障礙、肢體障礙、多重障礙、資賦優異等，以及輔助科技、復健諮商等相關專業領域。
各重要領域皆有2位專長教師，會相互協調課程教學內容；部分教師具跨領域專長，可支援不同類別課程跨領域開課，以滿足學生專業發展需求。

二、課程多元、統整，強調理論與實務結合、科際整合
本學系包括完整的學士、碩士、博士班。三個碩士班包含一般特教碩班、重度障礙碩班、輔助科技碩班，涵括輕度至重度障礙範圍，教學與輔助科技，因而課程與研究皆可以進行科際整合。而本學系與本校另二單位—特殊教育中心、視障與重建教育中心，具有密切合作關係，在專業與資源上相互支援，這些也都是其他特教系所少有的。
本學系的課程設計，藉師資專長多元的優勢，含括特殊教育各類別。課程強調整合與連續，並因應特殊教育實務環境的變化，強調融合、科際整合。此外，課程安排與教師教學亦重視理論與實務之結合，除了各類組的實習課程，其他課程亦常結合參觀、見習與實習等，或是志工服務融入課程內容的方式，加強學生的專業精神與知能。
大學部課程的安排，核心課程包括輕度障礙(輕度智能障礙、學習障礙)與重度障礙，另有四個副修課程，即，視覺障礙組、聽覺障礙組、情緒行為障礙組(含自閉症)、資賦優異組。碩博班課程的安排，目前除了基礎專業課程與研究法有關課程，另有各特教領域與相關課程，主要有輕度障礙領域(學習障礙、情緒行為障礙)、感官障礙領域(視覺障礙、聽覺障礙、視聽雙障)、重度障礙領域、輔助科技領域等；未來課程則擬以「融合教育」與「全方位學習設計」為核心進行規劃，再結合學生有興趣領域的課程與研究。

三、兼重助人信念與專業知能，正向支持學生
本學系為促成全部學生的最佳學習與專業發展，秉持每個學生都要成功、都可以成功的信念，包括有特殊需求的學生，對學生的輔導採取多層面的策略，讓學生從選課到修課過程，可以得到持續的學習指引、諮詢。尤其強調對於學生個別化瞭解，並因應學生個別特質與需求，提供正向支持。這是本系教師向所有師資生身體力行示範特殊教育的信念與知能。

一、教學重點：
本系現有師資可提供智能障礙類、資賦優異類、聽覺障礙類、視覺障礙類、學習障礙類等特殊兒童之教育 。並新聘語言障礙、情緒障礙等相關專業師資，以期學生在選課上有更多元之選擇。
二、學術研究：
89學年度開設「特殊教育碩士班」，90學年度增設「特殊教育教學碩士班」，95學年度增加「輔助科技研究所」及「重度障礙研究所」， 97學年度起，全國第一所師範學院特殊教育學系成立的博士班開始招生。 在人才方面，旨在培養特殊教育研究人員及相關團隊人員。在學術研究方面，加強與特殊學校或特殊班之教學實務改進之研究。
三、國際合作：
本校已與美國北科羅拉多大學（科羅拉多州）、喬治梅森大學（維吉尼亞州）、紐約州立大學Oswego分校（紐約州）、法國巴黎第、新加坡智源管理學院等七大學簽訂教育合作協定，本系已有老師依此協定赴喬治梅森大學及北科羅拉多大學訪問研究。目前亦正積極與西密西根大學（密西根州）洽談合作事宜。
四、校際合作：
本系已多次與臺灣師範大學、高雄師範大學合作研究之經驗。本系已有與國立中正大學心理系和高雄醫學大學校際選課之前例，必要時將推廣為合作研究之關係。