海洋環境學系大學部 成立於民國七十七年，成立宗旨在於造就建設與保護海洋環境所需的規劃、 工程設計與管理方面人才。民國八十七年為更契合本系教學研究方向，改名為「海洋環境及工程學系」。 此外本系為培育海洋專業人才，更於民國八十二年成立「海洋環境及工程學系碩士班」，民國八十九年 成立「海洋環境及工程學系博士班」，於一○九年學期開始招生「離岸風電海事工程碩士班」。

本系的特色在結合海洋與近岸兩空間，就海洋環境管理體制、海洋工程技術、海洋環境污染與防治、 及海洋基礎科學(如海洋物理與化學、海洋地形與地質、及海洋生態系統等)，各方面做綜合性及整體性的 考量，造就建設與保護海洋環境所需的規劃設計與管理方面的人才。 因此，海洋環境及工程學系除積極研究海洋環境的變遷、人為污染及其防治對策，同時亦探究發展 海洋工程技術與資源有效利用的技術與制度，以永續利用自然資源、提昇環境品質，建立一個健康的而 美麗的海洋環境。"