一、教學方面
本系課程設計方向，採生物科技與生物資訊並列。課程內容以基礎與應用並重。課程教授以課堂講述與實驗操作並行。以期在教學績效達到以下六大目標:
1. 發展植物生物科技學程、動物生醫學程與環境生物學程等特色學程
2. 培養學生實作精神，結合理論與實務
3. 提昇學生專業素養與技術能力
4. 推動教學資源共享，提昇設備使用率
5. 提昇學生人文素養、外語能力
6. 強化學校生命科學概論之通識教育 

二、研究方面
 生物學的研究領域極廣，舉凡醫學、細胞生物、動植物基因轉殖、微生物、植物病毒、環境生態等領域都是生物學研究發展的範疇。本系除了網羅了動物、植物、微生物、環境生態等科技領域的專家外，同時擁有生物資訊方面的研究領域的學者，例如生物統計、蛋白質體研究等。彼此之間的專業互補建立一個非常有利的群體研究團隊。
 在未來，本系將本著ㄧ貫的積極研究態度與精神，持續延聘優秀教師加入，並且朝以下重點努力。

1. 加深教學內容增加頂級研究人力
2. 提昇學生專業素養與技術能力
3. 促進產學合作
4. 促進教師與校外研究人員合作
5. 鼓勵教師共同研究
6. 鼓勵學生參與教師研究
7. 鼓勵成果發表，提昇學術水準
8. 促進學術服務工作 

三、推廣服務
1.推廣方面(1)配合學校推廣進修部，擔任相關課程之教學工作。(2)積極開設推廣教育相關之學分班與非學分班課程。

2.服務方面
(1)落實每位老師對系務之參與。除了系教評會外，組成數個委員會，針對課程、招生、實驗室安全等項目做任務編組，策劃工作目標並推舉召集人定期集會，以促進全體老師對系務的參與感，增加對本系的向心力。
(2)鼓勵老師擔任導師，並全力做好輔導的工作。在生活、課業、甚至人生規劃等方面給予同學必要的啟發與幫助。
(3)加強導師與家長聯絡。導師將不定期的主動與家長聯繫，以增加家長對學校的信任感，並且期待藉由這些了解能主動發現問題，增進對學生輔導的效果。

本系將提供生物科技基礎與實用之教學，培育具完整生物科技涵養之生物教師，並配合本校之科學教育服務網資源，達成全民生物科技教育之目標。其重點包括：
一、積極培育具完整生物科學內涵與生物科技知能之生物教師。
二、加強學生的學術研究能力，提供國內生物產業界所需的高級科技人力。
三、實際應用分子生物技術於相關之生物科技產業。
四、積極利用生物科技參與南部臨近城鄉之農業生產與生態工作。
五、經由推廣教育提昇中學生的生物科技專業知能與科學素養。
六、提供專業的生物科技教學資源，落實全民生物科技教育之目標。
七、開發具創造性的生物科技實驗教材教法。
八、強化南部生物教育之輔導工作。