大學部
為配合國家經濟建設，培植工商企業界所需的管理人才，本校於民國５２年１０月在臺復校之際，即成工商管理學系，次年更名為企業管理學系迄今。原隸法學院，招收新生４０名，至民國５８年本校商學院奉准成立後，方隸商學院，招生人數曾高達１８０名，後改招１５０名至今。民國５５年，本系分市場管理、生產管理及財務管理三組招生。民國６２年起不再分組招生，但仍分三班上課，一、二年級必修科目相同，三年級起，除系必修科目外，學生尚可在行銷管理、生產管理、財務管理及人事管理四個管理中，任選一個為主修，一個為副修。後因課程之安排，自民國６４年起，取消了主副修的限制。民國７４年，系上配合教育部指示，增添『資訊管理』一專門研究課程，以因應當時之潮流。７６學年度起，本系為引導同學能在行銷、人事、生產、財務、資訊等五大功能課程，依自己興趣自由選擇『主修分組』學習，８０學年度起，針對課程重新規劃，並做深入探討，改為行銷、人事、生產、財務四組。同學可以選一主修管理課程學習，成績達一定標準，可申請主修證明，以便利就業，此方案實行迄今。
碩士班
管理學研究所經教育部核准於1985年成立，為因應國家建設之需要，以培養經營管理之專業人才為目的。碩士班之主要發展目標為培養具備管理智能以及倫理精神之專業管理人才。2010年輔仁大學將管理學研究所碩士班及碩士在職專班進行整併於企業管理學系中，並將名稱更改為企業管理學系管理學碩士班。在過去的二十幾年中，已經培養了許多優秀的畢業系友，分別擔任國內外許多企業的執行長或是重要幹部。