(1)光電專長
(a)師資：專任教師中，半數以上具有「光學」或「光電」領域的專長，兼任 教師更以「光電」專長的學者專家為主。
(b)課程：除了光學、幾何光學、電磁學、光電子學、電子學等基礎必修課程之外，選修課程也以光電領域佔多數。
(c)分組：91學年起，增設光電物理組，更加落實本系特色。
(d)學程：本系負責規劃跨領域之「光電科技學程」，與電子工程、數學、化 學等多個系所合作開課，提供有興趣的同學修讀，擴展本科以外的知識，建立第二專長，提昇其競爭力。

(2)學術合作
共42個合作對象(個人/團隊/機構)，例如
(a)與中央研究院物理所學術合作，本系碩士班學生可由該所研究員指導，至該所做論文研究。
(b)與日本高能加速器研究機構(KEK)成為合作團隊，參與該機構內的Belle實驗，已進行共同研究計畫，研發量能器中的光電讀出元件。本案同時獲得系、院及國科會計畫補助。
(c)96學年度本校與加州大學Berkeley分校簽約締結姊妹校，實施共教共學，師生互訪。
(d)從95學年度起，美國Bradley大學物理系王威禮教授，每年暑期將定期來本系客座，一同合作與研究。

(3)人格教育
本校特別注重健全人格的培養，因此，提供了全人教育課程，例如「大學入門」、「人生哲學」、「專業倫理」等。

由於時代的演進光電科技已不敷需求，物理系在有很好的光電研究基礎之下，加上輔大已有生科系及新成立的醫學院，更有應用科學與工程研究所之研究媒合與進修管道，跨領域研究無時不發生於理工與醫學各系之間。因此根據本系目前師資成員的研究專長訂了未來發展四大目標：「生醫光電」、「薄膜奈米材料」、「光學研究」、「科學理論計算」。
1.「生醫光電」：以具有的光電基礎配合「生科系」、「醫學院」及「生醫光電中心」，從事跨領域生醫研究。更有應科所相關光電及生科跨領域的博士班為研究後盾。
2.「薄膜奈米材料」：將以前獨立薄膜研究，整合從事光、電、磁、節能、生醫薄膜之應用研究。
3.「光學研究」繼承以往之光學薄膜、真空鍍膜、光學設計、光譜測量、偏振光學、光纖、雷射、近場光學、光散射、X光繞射等研究強項。
4.「理論科學計算」：計算物理程式設計、原子物理計算、數據處理分析、第一原理計算等，模擬許多物理相關現象的科學研究。