輔仁大學理學院（理工學院在民國71年前的稱謂）數學系成立於52年8月，當年夏天參加聯招。那時候有些國立大學–如清大、交大–都還沒有設立數學系，加上大家對天主教大學有一份期許與好奇心吧，最先幾屆招進來的學生幾乎都是前幾個志願考取的，素質不錯。

數學系首任系主任是李士嘉神父（Fr. Richartz， 聖言會，德國Mü nster大學哲學博士），第2年由白恒光修女（Sr. Ambrosia， 聖神會，維也納大學1959年數學博士）擔任。

民國57年間白修女赴美教學1年，系主任職由李士嘉神父與潘壽山神父（耶穌會，美國St. Louis大學數學博士）暫代。

60年輔仁大學成立夜間部，其中有數學系，白修女兼該系系主任。

62年數學系經教育部核准，分設純數學組與應用數學組，並增設數學研究所碩士班。白修女兼數學研究所所長，直到69年所長方由何清人教授﹙美國Fordham大學數學博士﹚接任。

白修女的專長是代數學。她教學非常認真，課多，公務又繁忙，多年下來的身心透支使她逐漸不耐臺灣的潮濕氣候，而引發氣喘病來。雖然白修女尋醫治療過，但效果不彰，這樣就不適宜教學了，於是在72年1月她返回維也納。

白修女離開後由何清人教授接任系主任兼所長。何教授在72年8月休假赴美1年。系主任由顏一清教授（72年8月—78年7月）接任，所長由林清河教授暫代1年。

從78年8月系主任再由何清人教授擔任直至84年7月；所長則由何清人教授（73年8月—78年7月）、林清河教授（78年8月—82年7月）、張康教授（82年8月—84年7月）繼任下來。

84年8月起為響應教育部系所合一政策，數學系及數學研究所合併為一個行政單位，以便整合各項資源，為數學系的發展創新。張康教授為合併後的首任系主任（84年8月—85年7月）。

第2年張康教授被選任理工學院（71年後理學院的稱謂）院長。系主任便由楊南屏副教授（85年8月—88年7月）、蕭鴻銘副教授﹙88年8月—91年7月）、張茂盛教授（91年8月—97年7月）、郭仲成教授（97年8月—100年7月）、楊南屏副教授（100年8月—103年7月）、張茂盛教授（103年8月—109年7月）、邱文齡教授（109年8月—）相繼接任。

歷任數學系所主管經營的主旨是：數學系學士班的教學目標為引導學生了解數學的基本理論，訓練他們的思考、分析、推理、判斷與表達能力及創新意識；對碩士班則積極吸收國內對數學有興趣、有潛力的優秀人才，提供他們繼續深造的機會，並為國家培養科技研究人才以及提升國內數學教育所需師資。

歷年來輔大數學系對外舉辦的大型活動有：74年12月的「第七屆全國大學數學系運動會」、77年1月25日至26日的「中華民國數學會年會暨數學研討會」、80年12月21日至22日的「第十三屆全國大學數學系運動會」、86年5月2日開的「數值分析教學觀摩研討會」、86年11月29日至11月30日的「第十九屆全國大學數學系運動會」、88年12月10日至12日舉行的「數學學術研討會暨中華民國數學會年會並慶祝輔仁大學創校七十週年校慶」以及91年3月20日至24日的「第四屆中菲非線性數學研討會」。