民國十八年輔仁大學創校伊始，本系即同時成立，由余嘉錫先生主持系務。民國五十二年輔仁大學在臺復校，本系係首批招生系組之一。在歷任系主任積極規劃、開設相關課程；並於五十六學年度成立中國文學研究所碩士班，八十學年度獲准增設博士班，民國八十四年系、所合一。本系即包括大學部、碩士班、和博士班。同時，確立以先秦兩漢學術研究為本系所發展重點，以配合未來師資需求，培養學術研究人才。本系作育英才無數，聲譽卓著。

本系在臺北復系之後，先後由戴君仁、王靜芝、包根弟、黃湘陽、王初慶、王金凌、李添富、趙中偉、孫永忠、許朝陽等諸位先生主持系務，目前由王欣慧先生擔任系主任。