本系碩士班前身管理科學研究所碩士班，創於民國 61年，為國內首創教育與國防結合之先河，並為軍事作業研究之發展貢獻心力。同時稟承學校設校教育理念，積極深耕臺灣管理科學學術基礎人才培育，並於 64年獲准開辦博士班，為國內最早成立的管理博士班。後又為因應社會對大學程度人才的需求，於民國 87年再增設大學部 (管理科學學系)，以廣泛培育初階管理人才。民國 88年設立高階主管管理碩士學程 (EMBA)，以為業界培育高階管理人才。復於民國 91年大學部更名為經營決策學系，另於民國 92年 EMBA更名為企業經營碩士在職專班。復於民國100年大學部更名為管理科學學系。又為加強國際化，於民國 95年起將碩士班甄試生部分員額要求必須出國修習一年（自101學年度起取消此一出國規定）。本系經歷 40多年的持續發展，已成為一個學制完備的管理相關教育機構，當今已為國內管理學界一重要教育機構。本系現有專任教師 15位 (其中教授 10位、副教授 2位、助理教授 3位)，每年招收學生博士班10人、碩士班20人、碩士在職專班31人及大學部2班，畢業校友已超過2000人，在國內類似領域的機構中已具相當的規模。